En annan del av Tullverkets brottsbekämpning är att utreda misstänkta smugglingsbrott och se till att åklagare och domstolar har tillräckligt underlag för en rättssäker bedömning av skuldfrågan. För att åstadkomma ett bra utredningsresultat har brottsutredningen ett väl fungerande samarbete med andra brottsbekämpande myndigheter, t.ex. Polisen, Åklagarmyndigheten och Skatteverket. Antalet stora och komplicerade utredningar har ökat (t.ex. avseende smuggling av alkohol, tobak och narkotika), vilket också ställer krav på snabba och effektiva kontakter med utländska tullmyndigheter.Brotten utreds av specialutbildade tulltjänstemän vid Tullverkets brottsutredning under ledning av allmän åklagare. I enklare fall leds utredningen av Tullverkets egna förundersökningsledare eller särskilt förordnade tullåklagare som också kan besluta om bötesstraff.